необходимо сделать несколько вещей:
1. Сохранить папку - Server Private Key Backup (файлысодержащиеся в этом каталоге понадобятся для восстановления сертификата);
2. Сохранить файлы - server.xml, syLink.xml (все эти файлы содержатся в папке по умолчанию с установленным мэнеджером и необходимы для восстановления твоего домена и сохранения приватного ключа);
3. Сделать экспорт политик (что бы новь их не настривать), так же сохранить старые установочные пакеты (созданные SEPM для распространения);
4. Базу порекомендовал бы создать с нуля (так же можно посмотреть и грохнуть папки - в All Users найти папку - Symantec, так же убить - ..Program Files\Common Files\Symantec Shared\, и если осталась папка - ..\Program Files\Symantec\ ее убить, можно эти катлоги просто скопировать в другое место.;
При удалении SEPM необходимо удалитьсам продукт, IIS.
После удаления перезагрузиться, установить IIS перезагрузиться, установить SEPM.
После установки зайти в консоль управления восстановить сертификат (из сохраненной папки Server Private Key Backup), при восстановлении потребуется ввест,и ключ, который можно найти в файле server.xml, ключем будет значение тега - keystorePass="", после восстановления сертификата, после восстановления сертификата, необходимо восстановить домен, при создании которого необходимо будет в качестве идентификатора указать значение тега DomainId="" из файла syLink.xml, после создания домена необходимо выбрать его администрирование, все.. клиенты в течение ближайшего времени появятся... в клиентах, в группе Templates. Осталось только распихать их потом по требуемым группам, и назначить на эти группы политики.
Все вышеуказанные действия порекомендовал бы вначале осуществить в вирутальной среде или на тестовой машине..