Средствами самого же Backup Exec можно осуществлять резервное копирование сервера резервного копирования на диски/внешние хранилища (извините за тавтологию). Это делается в непрерывном режиме, ничего не надо останавливать.
Видимо, вопрос задавался в целях экономии дискового пространства: вместо того, чтобы бэкапить весь сервер, сохранить только необходимые файлы.