На текущий момент нам о таких проблемах неизвестно. Принципиальной разницы между деинсталляцией текущим деинсталлятором (средствами MSI) и чем-то подобным "вручную", мы не видим. Тут еще стоит учитывать очень важный момент: OSSS мало что меняет в реестре. На диск копируется несколько файлов, в реестре добавляется 4 драйвера, один автозапуск. Собственно, все изменения.