Из практики сканирования и лечения больших КВС - если просканировать средне-статистическую сеть, то обычно обнаруживается "зоопарк" из десятков версий Java и Reader (например на компьютере запросто может быть Acrobat 7). С операционками обычно ситуация более или менее нормальная при условии, что админ не поленился поднять WSUS - тогда все апдейты ОС централизованно устанавливаются и проблема решена.
С JAVA наблюдал интересную штуку - нередко она ставится скрытно, в ходе установки некоего комплекса - и никто в итоге и знать не знает, что она установилась, и какой она там версии. Причем второй негативный момент в том, что если обновить эту непонятную дырявую версию до актуальной, то разработанные под старую версию программы запросто могут не заработать. Есть например одна беспроводна технология, точки доступа которой программируются и настраиваются посредством написанной на JAVA системы администрирования. Идующая в комплекте версия древняя и "дырывая", а на новой комплекс запускается, но глючит ... в итоге приходится держать ноутбук конкретно под эту задачу (естественно без выхода в Интернет).