Злоумышленники могут использовать GitHub и другие сервисы Git для скрытых атак, нацеленных на разработчиков программного обеспечения. Исследователи в области безопасности тестировали системы организаций, занимающихся разработкой программного обеспечения, и заметили, что во многих случаях ключевой момент нарушения безопасности заключается в ненадлежащем понимании доверительных отношений (trust relationships).